Правомерно ли взымать плату 1000 рублей только за договор?

Скорее всего, с Вас по заявке на подключение домофона домофонная компания требует оплаты задолженности по договору домофонных услуг, который был заключен собственником квартиры ранее, но в связи с просрочками оплат домофон был отключен.

Вам как арендатору следует руководствоваться условиями договора аренды (найма), заключенного с собственником, в части несения обязанностей по обязательным платежам за квартиру.