Как можно выйти из этой ситуации?

Добрый день!

Стоит начать с того, что в соответствии с п.4 ст.10 ФЗ от 29 декабря 2009 года № 256-ФЗ:

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. 

Таким образом, не оформив квартиру, приобретенную с использованием маткапитала, Вы нарушили права детей.
Далее, условие о 50% пирменяется лишь в совокупности с другими условиями, перечисленными в п.2.1 ст.217.1 НК РФ, среди которых есть условие о семьях с двумя и более детьми, не достигшими 18-ти лет на момент заключения сделки, а также сроке приобретения нового жилья.
Вариант с разводом здесь вряд ли поможет.
Для дачи более полного ответа необходимо более подробно анализировать ситуацию.

Добрый день! Если у Вас заключен брак то не важно на кого из супругов оформлено приобретенное в браке имущество — оно в силу закона поступает в общую совместную собственность супругов (если у Вас нет брачного договора конечно), развод эту ситуацию никоим образом не меняет. Тут надо смотреть на конкретных цифрах, возможно получится свести налог к минимуму за счет налоговых вычетов, особенно если даритель приобрел подаренную квартиру возмзедно.