Здравствуйте!
Начну с того, что «принять» самозанятым нельзя. Здесь либо трудовой договор, либо работа по гражданско-правовому договору (ГПД), но с учетом того, что такой договор (ГПД) и такие взаимоотношения не должны подменять собой трудовые.
Закон о самозанятых (ФЗ № 422 от 27.11.2018) запрещает самозанятому оказывать услуги своему работодателю, а если точнее, полученный доход от таких услуг не может подлежать налогообложению по правилам данного Федерального закона:
2. Для целей настоящего Федерального закона не признаются объектом налогообложения доходы:
8) от оказания (выполнения) физическими лицами услуг (работ) по гражданско-правовым договорам при условии, что заказчиками услуг (работ) выступают работодатели указанных физических лиц или лица, бывшие их работодателями менее двух лет назад;
В вашем случае работодатель (заказчик) разный: был ООО «Зенит», а стал ООО «Роса». То, что у обоих ООО один и тот же учредитель, не запрещает самозанятому оказывать услуги ООО «Роса». Ведь и юридически и фактически — это два разных юр.лица. И если самозанятый уволился (или даже продолжает работать в ООО «Зенит») он вправе оказывать услуги ООО «Роса» как самозанятый.
А вот ООО «Зенит» самозанятый не может оказывать услуг пока там работает и в течение 2-х лет со дня увольнения.
Вот так, если я верно понял ваш вопрос.
Удачи!