Здравствуйте!
Действительно, в силу пунктов 1,8 Инструкции об организации в Вооруженных Силах Российской Федерации выплаты денежной компенсации за наем (поднаем) жилых помещений ( приложение к Приказу Министра обороны РФ от 27 мая 2016 г. N 3, оснований для прекращения выплаты компенсации за наем (поднаем) жилья не было, поскольку вы не обеспеченны жилыми помещениями, пригодными для постоянного или временного проживания, по месту военной службы, и при этом состоите на учете для получения служебного жилья
Для проверки данного факту, если вам ничего конкретного не могут пояснить по месту службы, рекомендую обратиться с жалобой в военную прокуратуру гарнизона.
Если Вам нужна более подробная консультация по данному вопросу, либо помощь в составлении документов – обращайтесь ко мне в чат. Услуги в чате оказываются на платной основе.