Добрый день.
Относительно постановки, так называемой красной печати, да есть такая практика и ее в отдельных частях ставили в военных билетах.
В данном случае сложно говорить о незаконности данной практики, поскольку действующие приказы Министра обороны РФ от 22.11.2021 N 700 «Об утверждении Инструкции об организации работы по обеспечению функционирования системы воинского учета»
в части касающейся оформления документов воинского учета
и приказ Министра обороны РФ от 09.09.2015 г. № 047 определяющего правила ведения личных дел военнослужащих
указывают только на заверение документов мастичными печатями.
При этом цвет печати не оговорен.
Вместе с тем простановка красных печатей в документах по смыслу Приказа Министра обороны РФ от 04.04.2017 г. № 170 «Об утверждении Инструкции по делопроизводству в Вооруженных Силах Российской Федерации» является допустимым.
Служебный документ на бумажном носителе заверяется мастичной печатью установленного образца. Оттиск печати проставляется на свободном от текста месте, не захватывая собственноручной подписи должностного лица, подписавшего документ. Оттиск печати может захватывать часть наименования должности лица, подписавшего служебный документ.
В документах, подготовленных на основе унифицированных форм, печать ставится в месте, обозначенном отметкой «М.П.».
Оттиски печатей выполняются штемпельной краской красного, синего или фиолетового цвета.
Однако какой-либо особой смысловой нагрузки цвет печати за собой не влечет.
Особо это ничем не грозит. По крайней мере в законодательстве нет каких либо норм, которые как то ограничивали Ваши права в связи с такой печатью. Тем не менее, полагаю правильным будет обжалование факта простановки такой печати в гарнизонном суде.
На это у Вас в силу ст. 219 КАС РФ будет 3 месяца