Здравствуйте, Денис Игоревич.
Нет, командование не вправе отказать Вам в продлении отпуска на период стационарного лечения в госпитале.
Положение
о порядке прохождения военной службы
(утв. Указом Президента РФ от 16 сентября 1999 г. N 1237)
Статья 29. Порядок предоставления основного отпуска
18. Военнослужащим, заболевшим во время основного или дополнительного отпуска, кроме отпуска по личным обстоятельствам, основной или дополнительный отпуск продлевается на соответствующее количество дней болезни. Продление отпуска в этом случае осуществляется командиром воинской части на основании справки из лечебного учреждения.
Подайте соответствующий рапорт к которому приложите справку из госпиталя. Рапорт подавайте с отметкой на Вашей копии, чтобы рапорт не потеряли.
Если отпуск не продлят и исключат Вас из списков воинской части отказ в предоставлении отпуска можно оспорить в судебном порядке в течение 3- х месяцев в соответствии со статьей 219 Кодекса административного судопроизводства.
Суд военный, гарнизонный. Госпошлина 300 рублей.
Потребуется помощь в составлении рапорта или административного иска можете написать мне в чат.
С уважением! Г.А. Кураев
Соответственно, дата окончания контракта не препятствует продлению отпуска.
Вас должны будут исключить из списков части после продления отпуска, после сдачи Вами дел и должности и после обеспечения Вас всеми положенными видами довольствия в соответствии со статьей 34 Положения о порядке прохождения военной службы утвержденного Указом Президента РФ №!237 от 16.09.1999