Который руководитель организации должен быть исключен из подсчета?

Здравствуйте!

1. Да, является, поскольку в соответствии со ст. ст. 181.5 ГК РФ  решение собрания ничтожно в случае, если решение принято при отсутствии необходимого кворума. Согласно пункту 1 статьи 166 ГК РФ сделка недействительна по основаниям, установленным законом, в силу признания ее таковой судом (оспоримая сделка) либо независимо от такого признания (ничтожная сделка). 

Соответственно, такая решение не требует дополнительного признания недействительным судом.

2. В ЖК РФ нет понятия заинтересованного лица, либо сделки с заинтересованностью как это  есть в ФЗ об ООО. В данном случае в силу ЖК РФ, а также права собственности на помещение, его собственник имеет право голоса, а также имеет право его реализовать.  Соответственно, ограничить его невозможно. 

3. Согласно п.5 ст. 181.4 ГК РФ 

решение собрания может быть оспорено в суде в течение шести месяцев со дня, когда лицо, права которого нарушены принятием решения, узнало или должно было узнать об этом, но не позднее чем в течение двух лет со дня, когда сведения о принятом решении стали общедоступными для участников соответствующего гражданско-правового сообщества.

т.е. изначально считается срок 6 месяцев когда нарушены права, либо когда лицо узнало или должно было узнать об этом, но в пределах 2 лет, когда сведения стали общедоступными.

Если указанный срок не прошел, то вы вправе подать такое исковое заявление. 

В целом следует отметить, что вероятно, суд неверно применил нормы материального права. Об этом следует указывать в жалобе. 

С уважением, 

юрист Квон Дмитрий Викторович.