Анна, добрый день.
Если я правильно понимаю Вашу ситуацию, то
1. организация, в которой Вы занимаете некую должность, заключила договор субподряда с другой организацией;
2. в этом договоре есть пункт, который Вы упоминатете — штрафные санкции за выполнение работы по договору не субподрядной организацией -стороной договора, а привлеченного этой стороной третьего исполнителя (суб-субподрядчика);
3. при этом Вы хотите выполнить эту работу как физическое лицо, и получить доход от этой деятельности на свой личный счет, а не на счет организации — стороны по указанному Вами договору.
Если я все верно понял, то Вы, действуя в качестве самозанятого (даже если при этом одновременно трудоустроены в организации-стороне по указанному договору), являетесь (суб)субподрядчиком, и на этот случай указанное в договоре условие-ограничение, на перый взгляд, распространяется.
Здесь принципиальный момент — за что именно перечисляются на Ваш счет денежные средства.
В любом случае есть возможность для организации избежать их — заключить с Вами трудовой договор (если его на данный момент не заключали) и выплатить Вам вознаграждение в виде заработной платы, например.
Чтобы дать более развернутый ответ, необходимо подробно изучить все относящиеся к делу документы и сведения.
С уважением,
Вандакуров Александр