Здравствуйте Дмитрий! На Ваш вопрос точно ответить можно, если Вы скажете в какой организации Вы работает и в какой сфере. Наверняка не в бюджетной (для них отдельными постановлениями Правительства РФ установлены выплаты за выслугу лет). Если Вы работаете в коммерческой организации, то работодатель вправе по согласованию с представительным органом работников (если профсоюз имеется) при заключении коллективного договора определить механизм расчета дополнительных выплат стимулирующего характера, предусмотренных действующей у работодателя системой оплаты труда.
Если у Вас есть коллективный договор, почитайте его условия, которые относятся к выплатам стимулирующего характера (раздел может называться по другому), вообщем то, что относятся к выплатам за выслугу лет. Если нет коллективного договора, то возможно на Вашем предприятии имеется Положение о выплатах или премировании, где прописаны условия выплат за выслугу лет. В этих положениях (внутренних нормативных актах предприятия) может быть прописано, что выплаты за выслугу лет применяются к основной должности. Если прописано и за совмещаемую должность, то можете обратиться к работодателю.
С уважением и наилучшими пожеланиями!