Является ли это так же переходом ответственности от Арендатора к Арендодателю?

Добрый день! Поскольку у Вас в договоре прямо прописана обязанность арендатора нести расходы, связанные с перепланировкой помещения и осуществлять ее только после получения всех необходимых согласований то в случае, если такой порядок арендатором соблюден не был понесенные в связи с нарушением условий договора ложатся на него ( ст. 15 ГК РФ). 

и согласование с гос органами, пару раз я относил документы в Росреестр на регистрацию. Может ли Арендатор ссылаться на это, как основание ответственности Арендодателя за незаконность перепланировки?

 тут надо конечно выяснять, что там за ситуация, было ли согласование, почему сейчас признали перепланировку незаконной. Кто там куда носил документы по большому счету не имеет значения т.к. по договору это обязанность арендатора. 

Здравствуйте, Анна.

В результате на сегодня проходит проверка по вопросу законности перепланировки, что может привести в признании её незаконной и обязании привести в первоначальное состояние.

 В общем-то, у Вас всё самое главное выделено в приложенном файле:

10.9 В случае взыскания надзорными, контролирующими, инспектирующими и иными уполномоченными органами штрафных санкций с Арендодателя и/или вынесении каких-либо указаний/предписаний об устранении нарушений (в т.ч. в виде сноса или приведения в первоначальное состояние) а также предъявления/взыскания любыми третьими лицами расходов, убытков и иных сумм, за нарушения, допущенные Арендатором в процессе осуществления им своей деятельности и эксплуатации Помещений (в том числе надстроенных и пристроенных помещений Арендатором от имени Арендодателя), обязанность по исполнению таких указаний (требований, предписаний и т.п.) возлагается на Арендатора и производится за его счет, а уплата штрафных санкций и иных сумм (а равно и возмещение расходов Арендодателя по их уплате и возмещение иных расходов Арендодателя, включая, но не ограничиваясь судебных, юридических, понесенных им в результате применения к нему иных мер ответственности) как к Организации, так и должностному лицу Арендодателя, осуществляется из средств Арендатора, независимо от лица, на которое уполномоченным органом будет наложено взыскание.

Это, действительно, ключевой момент в договоре, и Вы вправе предъявить это Арендатору (ст. 15 ГК РФ).

пару раз я относил документы в Росреестр на регистрацию.

Так же Арендодатель согласовывал (подписывал) планы перепланировки.

Вот это, действительно, не очень хорошо.

По сути, это можно считать одобрением действий Арендатора, особенно момент с согласованием.

Но с другой стороны — такое согласование не означает проверку законности действий арендатора с точки зрения градостроительных правил.

Это больше согласование улучшений в рамках договора.

Обязанность проверить законность этого возложена на Арендатора.

Здравствуйте

Наша задача избежать наших расходов в связи с этой ситуацией, а напротив возложить все расходы и обязательства в связи с незаконной перепланировкой на арендатора. Вопрос в том, как это обосновать?

 у вас договор это прямо описывает

7.2.2. За свой счет производить перепланировку и переоборудование Помещений, после согласования проекта в надлежащих государственных органах и по предварительному письменному согласованию с Арендодателем в случаях, предусмотренных настоящим Договором. Для этих целей Арендодатель обязан предоставить Арендатору все необходимые документы в отношении Здания, земельного участка, находящегося под зданием, доверенностей (в том числе нотариально удостоверенные) со всеми необходимыми полномочиями.

В случае выставления штрафов, пеней, предписаний о совершении или воздержании от совершения каких-либо действий со стороны Государственных/ муниципальных органов или иных структур, связанных с такими решениями/изменениями планов БТИ, в отношении Арендодателя, Арендатор оплачивает такие штрафы и иные платежи и предъявленные требования, устраняет нарушения по предписаниям до истечения срока, установленного в соответствующем документе.

соответственно ст. 615 гк исполнена- порядок использования имущества описан

и далее вот возмещение вреда имуществу

10.9 В случае взыскания надзорными, контролирующими, инспектирующими и иными уполномоченными органами штрафных санкций с Арендодателя и/или вынесении каких-либо указаний/предписаний об устранении нарушений (в т.ч. в виде сноса или приведения в первоначальное состояние) а также предъявления/взыскания любыми третьими лицами расходов, убытков и иных сумм, за нарушения, допущенные Арендатором в процессе осуществления им своей деятельности и эксплуатации Помещений (в том числе надстроенных и пристроенных помещений Арендатором от имени Арендодателя), обязанность по исполнению таких указаний (требований, предписаний и т.п.) возлагается на Арендатора и производится за его счет, а уплата штрафных санкций и иных сумм (а равно и возмещение расходов Арендодателя по их уплате и возмещение иных расходов Арендодателя, включая, но не ограничиваясь судебных, юридических, понесенных им в результате применения к нему иных мер ответственности) как к Организации, так и должностному лицу Арендодателя, осуществляется из средств Арендатора, независимо от лица, на которое уполномоченным органом будет наложено взыскание.

+ ст. 15 гк по возмещению убытков