Законно ли увольнение за отказ от спец операции по статье?

Добрый день.

Если не было никакого приказа и отказ нигде не зафиксирован, то полагаю, что такое увольнение незаконно.

ОТказ убывать куда то, без наличия распорядительного акта не может говорить о нарушении условий контракта.

В частности в силу УВС ВС РФ

Защита государственного суверенитета и территориальной целостности Российской Федерации, обеспечение безопасности государства, отражение вооруженного нападения, а также выполнение задач в соответствии с международными обязательствами Российской Федерации составляют существо воинского долга, который обязывает военнослужащего:

быть верным Военной присяге (обязательству), беззаветно служить народу Российской Федерации, мужественно и умело защищать Российскую Федерацию;

 
строго соблюдать Конституцию Российской Федерации и законы Российской Федерации, требования общевоинских уставов, беспрекословно выполнять приказы командиров (начальников)