Добрый вечер, Валерий!
На основании письма Минфина от 27 августа 2021 г. N 03-04-05/69314:
К доходам индивидуального предпринимателя, получаемым от осуществления им тех видов деятельности, по которым он является налогоплательщиком налога, уплачиваемого в связи с применением специального налогового режима налогообложения, налоговые вычеты по налогу на доходы физических лиц не применяются.
Поэтому, при продаже коммерческих помещений Вы не сможете применить налоговые вычеты, предусмотренные для физических лиц.
Сумма покупки при УСН 6 % не влияет на размер исчисляемого налога. Вы должны будете заплатить 6 % от полученного дохода по сделке.
Если налогоплательщик применяет одновременно патентную и упрощенную систему налогообложения, при определении величины доходов от реализации для целей соблюдения ограничения, установленного кодексом, учитываются доходы по обоим указанным специальным налоговым режимам.
Будет исчислен налог 6 %.