Можно ли в одном контракте прописать оплату из двух разных бюджетов?

Андрей, в законодательстве не содержится ограничений в отношении количества кодов КОСГУ, указываемых в контракте. Таким образом, если этого требуют условия исполнения контракта, в нем может быть указана оплата по енескольким  кодам экономической классификации. 

Лимиты БО доводятся с указанием кодов экономической классификации расходов, являющейся частью Классификации операций сектора государственного управления – КОСГУ.