Здравствуйте.
1) Если ваш вопрос состоит в том, имеет ли допущенное вами нарушение сроки давности и можно ли спустя более десяти лет лишить вас допуска к военной тайне, то ответ на данный вопрос утвердительный. Да, можно.
По этому вопросу высказывался Конституционный Суд РФ в своем определении от 29 сентября 2016 г. № 1863-О “Об отказе в принятии к рассмотрению жалобы гражданина Барского Андрея Валерьевича на нарушение его конституционных прав подпунктом «е.2» пункта 2 статьи 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» и абзацем третьим части первой статьи 23 Закона Российской Федерации «О государственной тайне».
Суд указал, что лишение допуска к государственной тайне не является мерой юридической ответственности, поэтому сроков давности данное нарушение не имеет.
2) Можно ли попытаться отстоять право прохождения военной службы дальше? Ответить на данный вопрос однозначно нельзя. Можете попробовать побороться, обжаловать приказ об увольнении в суд. Хотя шансов на положительное для вас решение суда мало, но они есть.
Если не опустили руки и желаете попробовать бороться до последнего, то заключите договор с юристом и попытайтесь с ними обжаловать увольнение.
С уважением.