Как можно доказать, что собственник участка изменил русло речки, чтобы был пруд

Согласно ст. 8 Водного кодекса

5. Естественное изменение русла реки не влечет за собой прекращение права собственности Российской Федерации на этот водный объект.

Предположу, что собственник участка своими действиями создал (образовал) пруд и тем самым нарушил права граждан на доступ к водным объектам.

Частью 2 статьи 8 Водного кодекса определено, что пруд, обводненный карьер, расположенные в границах земельного участка, принадлежащего на праве собственности субъекту Российской Федерации, муниципальному образованию, физическому лицу, юридическому лицу, находятся соответственно в собственности субъекта Российской Федерации, муниципального образования, физического лица, юридического лица, если иное не установлено федеральными законами.
Ведение государственного водного реестра осуществляется уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти в порядке, установленном Правительством Российской Федерации (часть 10 статьи 31 ВК РФ).
Постановлением Правительства Российской Федерации от 28.04.2007 N 253 утверждено Положение о ведении государственного водного реестра.
В соответствии с пунктом 2 Положения N 253 реестр представляет собой систематизированный свод документированных сведений о водных объектах, находящихся в федеральной собственности, собственности субъектов Российской Федерации, муниципальных образований, физических и юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, об использовании водных объектов, о речных бассейнах и бассейновых округах.

Пример судебной практики:

Определение Верховного Суда РФ от 27.12.2017 N 310-КГ17-19010 по делу N А09-2658/2013
Требование: О пересмотре в кассационном порядке судебных актов по делу о признании незаконными действий уполномоченного органа по внесению в государственный водный реестр сведений о водном объекте.
Решение: В передаче кассационной жалобы для рассмотрения в судебном заседании Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда РФ отказано, так как спорный пруд был сооружен на реке, имелась связь между прудом и рекой, поэтому пруд являлся объектом федеральной собственности.

Доказательствами могут служить сведения из реестра водных объектов, судебная экспертиза.

С уважением, Евгений

То есть, если Ваша цель — привлечение «мелиоратора» к административной ответственности и восстановление прежнего состояния — обращайтесь в компетентные органы, как я уже ранее указал — Росприроднадзор, можно и в Прокуратуру. Если цель иная — укажите ее в дополнении к вопросу. 

Дополню. В отношении Мелиоратора, возможно возбуждение административного дела по ст: 

Статья 8.38. Нарушение правил охраны водных биологических ресурсов
(в ред. Федерального закона от 06.12.2007 N 333-ФЗ)

Производство сплава древесины, строительство мостов, дамб, транспортировка древесины или других лесных ресурсов, осуществление взрывных или иных работ, а равно эксплуатация водозаборных сооружений и перекачивающих механизмов с нарушением правил охраны водных биологических ресурсов, если хотя бы одно из этих действий может повлечь массовую гибель рыбы или других водных животных, уничтожение в значительных размерах кормовых запасов либо иные тяжкие последствия, — (в ред. Федеральных законов от 04.12.2006 N 201-ФЗ, от 06.12.2007 N 333-ФЗ)
влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на должностных лиц — от десяти тысяч до пятнадцати тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, — от десяти тысяч до пятнадцати тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток; на юридических лиц — от ста тысяч до двухсот тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток.

т.к. в данном случае, возможно нарушение правил охраны водных биологических ресурсов.  

Но   Вам следует уточнить в вопросе цель, сбора доказательств. Кроме того, сбором доказательств, все же занимаются именно должностные дица компетентных органов, если конечно речь не идет о гражданском процессе.  

Вы пытались обращаться с жалобами в прокуратуру, Росприроднадзор? Если нет, то Вам лучше начать с этого, прокурор может в рамках производства по делу об административном правонарушении назначить экспертизу, а также принять другие меры к установлению тех фактов, о которых Вы указали.

Можно, конечно, и самостоятельно пойти в суд с иском об обеспечении доступа к водному объекту и ходатайствовать перед судом о назначении экспертизы, о которой я написал выше. Но дело это дорогое, а расходы на ее проведение Вам придется брать на себя. В случае успеха Вы можете компенсировать их с ответчика.