По плану я хочу оплачивать их при поступлении средств на российский счет, но не будет ли проблем у владельца аккаунта Пайонира?

Добрый день! 

Здравствуйте! Если Пайонир зарегистрирован на одного человека из страны ЕС, но получаю средства я в России, кто должен платить налоги? 

Зависит от того, кто из Вас получает доход и основание данного дохода. Нужно смотреть на правовые основания отношений  между вами и тем, кто переводит денежные средства. На первый взгляд, похоже на агентские отношения.

По плану я хочу оплачивать их при поступлении средств на российский счет, но не будет ли проблем у владельца аккаунта Пайонира? 

Вам в любом случае нужен договор для банка.