Назначены доли на меня, бывшую жену и двух несовершеннолетних детей, но имущество взято в ипотеку

Скиньте решение, для понимания. 

Я обязан сейчас обратится в ЕГРН с решением суда

 Да, начните с того, что обратитесь в МФЦ с решением суда для регистрации прав по решению суда. Получите выписку из ЕГРН в соответствии с решением суда.

она через год после решения суда родила 3 го ребёнка и естественно прописан он с неё в доме

 Чтобы решить вопрос по третьему ребенку и наделить его долей, нужно сначала получить выписку из ЕГРН согласно решения суда.

К тому же у вас дом обременен ипотекой и наделить долей третьего ребенка целесообразно после выплаты ипотеки либо опять идти в суд. Если ей надо наделять третьего ребенка долей, пусть сама и идет в суд 

Продолжать платить ипотеку и каждый год через решение суда и приставов взыскивать с неё определённую сумму пока что до неё не дойдёт

 В данной ситуации, да. Стоит поступать таким образом. Так же можно и проценты по 395 ГК РФ с нее взыскивать, если не будет своевременно вам выплачивать деньги по решению суда. А это еще может увеличить ее долги.

по закрытию кредита вызывать оценщика и определятся сколько стоит её доля!!!

 Вообще это крайне спорный вопрос и кажется мне, что если вы его не решите добровольно, то придется решать вам его в суде.

сейчас же она не хочет етого делать а просто хочет получить деньги и продать долю дома и участка мне!!???

 Каким образом она хочет продать долю, если они в залоге у банка? Вы ей объясните, что если хочет деньги получить, то нужно посчитать стоимость доли на сегодняшний день вычесть выплаченную вами ипотеку в размере 1/2 доли платежей и решать вопрос можно будет только в судебном порядке, потому что банк как правило не разрешает продавать долю  дома в обременении. Но если разрешит сделать такую сделку, то вам крупно повезет