Добрый день!
1) Да, можете заключить договор и да можете работать без открытия филиала. Просто нужно проработать заранее вопрос оплаты (будет ли грубо говоря вам оплата на счета казахские и готовы ли это делать Заказчики либо вы договоритесь о необходимости открыть счет в РФ).
2) Если работа носит временный характер, с точки зрения законодательства РК имеет смысл оформить все командировки, а также заранее убедиться что у вас все в порядке с точки зрения организации техники безопасности, назначено ответственное лицо и так далее (если у вас на территории РФ с работником произойдет несчастный случай в РК может быть вплоть до уголовного дела по умолчанию как минимум на директора).
3) Будут налоговые обязательства стандартные (РФ — налоговый агент, который должен будет подтвердить ваше местонахождение и освобождение от НДС на базе межправительственных соглашений о ТС, а в РК будете платить налоги в соответствии с вашей системой налогообложения)
4) Как лучше поступить:
— договор согласовать с юристом;
— налоговые последствия с бухгалтером вместе с юристом.
Все остальные моменты могут быть детально разобраны только в рамках отдельной полноценной платной услуги в чате (кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер). Удачи вам.