Сергей, здравствуйте! Вы можете обратиться с заявление в Следственный комитет как в последний день работы, так и после увольнения. Обратите внимание, что одним из условий наступления уголовной ответственности по статье 145.1 УК РФ является не выплата заработной платы, совершенная из корыстной или иной личной заинтересованности руководителя организации, работодателя. Возможно, Вам следует для начала обратиться в инспекцию по труду и в Прокуратуру. В случае, если припроведении проверки Прокуратура усмотрит в действиях Вашего работодателя состав преступления по указанной статье, то она передаст результаты проверки для возбуждения уголовного дела. Сообщение прокурора о преступлении является одним из оснований для возбуждения уголовного дела.
Да, Вы можете одновременно подать заявление в обе структуры.