Переход права собственности регистрируется на основании договора, в основе договора — воля сторон.
Таким образом, если волей сторон является переход права собственности на квартиру (выразившаяся в подаче заявления на регистрацию сделки), то само по себе отсутствие расписки не может препятствовать совершению сделки, и соответственно влиять на ее законность, подписание акта приема-передачи и получение свидетельства о государственной регистрации.
Другое дело, что отсутствие доказательств оплаты может привести к наличию обременения в виде залога (законной ипотеки).
Таким образом, в данном случае законность сделки под сомнение не ставится.
Если вами утрачена (потеряна) расписка, то вам ничего не грозит, если конечно продавец не узнает об этом и не решит воспользоваться данным обстоятельством (при этом необходимо учитывать, что достаточно часто покупателя просят расписаться о получении денег непосредственно на договоре купли-продажи, что, разумеется приравнивается к расписке).