Вопрос: при оплате лицензии становимся ли мы налоговыми агентами по налогу на прибыли и НДС?

по налогу на прибыль — физ.лица не являются плательщиками налога на прибыль. Поэтому и налоговым агентом по налогу на прибыль Вы не будете

при этом обратите внимание на то, что в соответствии со ст.12 Соглашения между Правительством РФ и Правительством Украины «Об избежании двойного налогообложения доходов и имущества и предотвращении уклонений от уплаты налогов»

2. Однако эти доходы могут также облагаться налогом в Договаривающемся Государстве, в котором они возникают, и в соответствии с законодательством этого Государства, но взимаемый налог не может превышать 10 процентов валовой суммы доходов.

http://www.consultant.ru/docum...

Поэтому Вы будете выполнять в отношении физ.лица- украинца роль налогового агента по НДФЛ — статья 226 НК.