На сколько я понимаю, я могу выставить счёт чтобы он оплатил на расчётный счёт

Здравствуйте. Да, вы все верно понимаете.

Минфин России в письмах от 15.08.2017 № 03-01-15/52356, от 28.04.2017 № 03-01-15/26324 указывал, что Законом № 54-ФЗ не предусмотрено особых условий (исключений) в отношении применения ККТ для пользователя (продавца) при оплате покупателем товара посредством платежного поручения через кредитную организацию. Кроме того, в письме от 15.08.2017 № 03-01-15/52356 представители Минфина России отметили, в частности, что ККТ применяется в случае оплаты товаров (работ, услуг) покупателями (клиентами) – физическими лицами (с учетом исключения, указанного в п. 9 ст. 2 Закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ) посредством подачи поручений (распоряжений) кредитному учреждению о переводе денежных средств в пользу организации (индивидуального предпринимателя). В этом случае организация (индивидуальный предприниматель) направляет кассовый чек на указанные покупателем до момента оплаты абонентский номер либо адрес электронной почты (далее – данные покупателя), кроме случаев, когда у организации (индивидуального предпринимателя) отсутствует возможность получения указанных данных покупателя.

Учитывая указанные разьяснения, вам нужно отбить чек ККМ как при оплате онлайн и выслать его на электронную почту покупателя любым удобным способом.