В других местах - утверждается, что после пяти лет нахождения в собственности доход от продажи квартиры не

Между Россией и Эстонией соглашение об избежании двойного налогообложения не вступило в силу, поэтому на основании части 4 статьи 29 Закона о подоходном налоге Эстонии: 

Подоходным налогом облагается прибыль, которую нерезидент получил от отчуждения имущества (часть 1 статьи 15), если:
проданная или обмененная недвижимая вещь находится в Эстонии

В соответствии с частью 4 (1) пункта 1 статьи 31 Закона: 

Подоходным налогом не облагаются следующие доходы нерезидента:

выгода от отчуждения недвижимой вещи на условиях, установленных в частях 5 и 6 статьи 15

Согласно части 5 статьи 15 Закона о подоходном налоге Эстонии:

Подоходным налогом не облагается выгода, полученная от отчуждения недвижимой вещи, взноса в жилищный кооператив или членства в товариществе собственников зданий, если: [RT I, 18.11.2010, 1 – вст. в силу 01.01.2011]
существенной частью недвижимой вещи либо предметом квартирной собственности или права застройки является жилое помещение, которое налогоплательщик до отчуждения использовал в качестве своего места жительства

Если Вы не использовали квартиру в качестве своего места жительства, то обязаны заплатить подоходный налог.

На основании части 1 статьи 1 Закона: 

Подоходным налогом облагаются доходы налогоплательщика, из которых произведены разрешенные законом вычеты.

Согласно части 1 статьи 4 Закона: 

Ставка подоходного налога составляет 20%.

Это означает, что Вы вправе вычесть расходы на приобретение квартиры, на ее ремонт. С полученного дохода за вычетом расходов возьмут налог по ставке 20 %.

Так же необходимо Светлана отметить, что

к валютным операциям законом отнесены, помимо прочего, приобретение резидентом у нерезидента либо нерезидентом у резидента и отчуждение резидентом в пользу нерезидента либо нерезидентом в пользу резидента валютных ценностей, валюты РФ и внутренних ценных бумаг на законных основаниях, а также использование валютных ценностей, валюты РФ и внутренних ценных бумаг в качестве средства платежа 

(пп. «б» п. 9 ч. 1 ст. 1 Закона о валютном регулировании).

 На основании пункта 3 статьи 14 173-ФЗ «О валютном регулировании»

«Расчеты при осуществлении валютных операций производятся физическими лицами — резидентами через банковские счета в уполномоченных банках, порядок открытия и ведения которых устанавливается Центральным банком Российской Федерации».

За несоблюдения валютного законодательства предусмотрена ответственность, в соответствии с пунктом 1 статьи 15.25 КоАП:

«Осуществление незаконных валютных операций, то есть валютных операций, запрещенных валютным законодательством Российской Федерации или осуществленных с нарушением валютного законодательства Российской Федерации, минуя уполномоченные банки влечет: наложение административного штрафа на граждан, лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, и юридических лиц в размере от 75 до 100 процентов суммы незаконной валютной операции; на должностных лиц — от двадцати тысяч до тридцати тысяч рублей».

На основании изложенного, делаю вывод о том, что оплата даже валютой РФ (рублями) по сделке с недвижимостью с не резидентом является валютной операцией и должна осуществляться через специальный банковский счет в уполномоченном банке.

и минимальный срок владения у Вас не 5 лет требуется а три года поскольку он был увеличен для объектов, приобретенных после 01.01.2016 когда были внесены изменения в главу 23 НК РФ. Поскольку у Вас квартира приобретена задолго до указанного времени минимальный срок владения для нее 3 года.

При продаже квартиры, расположенной в Эстонии, необходимо учитывать налоговое законодательство страны, в которой расположена недвижимость. При продаже недвижимости, расположенной за пределами РФ, налог подлежит оплате в стране расположения недвижимости. При этом резидент РФ уплачивает в России налоги со всех своих доходов, в том числе от продажи недвижимости, которая находится за рубежом. В таких случаях применяются условия соглашения об избежании двойного налогообложения, позволяющие зачесть в России налог, уплаченный в стране расположения недвижимости. Однако со стороны РФ Конвенция между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Эстония об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от налогообложения в отношении налогов на доходы, заключенная в г. Таллине 05.11.2002, не была ратифицирована и, следовательно, не вступила в силу. Поэтому налог, уплаченный в Эстонии, не будет зачтен в России. Тем не менее, в РФ не уплачивается налог с дохода от продажи недвижимости, которая была в собственности продавца более пяти лет (если недвижимость была приобретена после 2006 года) или более трех лет (если недвижимость была приобретена до 2006 года). Таким образом, Вам не нужно платить в России налог с дохода, полученного от продажи недвижимости, которая находится в Эстонии и принадлежала Вам около 20 лет.