Добрый день, Ярослав. При подаче документов в МФЦ на регистрацию перехода права собственности на объект недвижимости необходимо будет присутствовать обеим сторонам. Многофункциональный центр не осуществляет регистрацию перехода права, а в порядке межведомственного взаимодействия направляет эти документы в Росреестр.
Такая процедура, равно как и участие обеих сторон в сдаче документов предусмотрена Положением об оказании государственной услуги по регистрации перехода права собственности на объект недвижимости для многофункциональных центров.
Так как сторонами по сделке являются юридические лица, то от них могут присутствовать представители по доверенности.
Я рекомендую Вам воспользоваться услугами электронной подачи документов через портал Госуслуги