В соответствии с частью 2 статьи 412.12 УПК РФ Указания Президиума Верховного Суда Российской Федерации являются обязательными для суда, вновь рассматривающего уголовное дело.
Согласно части 3 Президиум Верховного Суда Российской Федерации в случае отмены судебного решения не вправе устанавливать или считать доказанными обстоятельства, которые не были установлены либо были отвергнуты судом первой или апелляционной инстанции, предрешать вопросы о достоверности или недостоверности того или иного доказательства, преимуществе одних доказательств перед другими и определять, какое судебное решение должно быть принято при новом рассмотрении дела.
Таким образом указания суда надзорной инстанции на доказанность ряда обстоятельств, которые были опровергнуты судом нижестоящей инстанции незаконны. В Вашем случае, под словом отвергнуты, я понимаю, что данное решение судом, рассматривавшим дело по существу, было мотивировано и соответствующие доказательства были все ж опровергнуты. Если же доказательства просто отвергнуты (то есть не приняты во внимание, но исследованы в суде, и не признаны не допустимыми), то в данном случае указания надзорной инстанции все ж законны. Суд при рассмотрении дела по существу должен эти доказательства исследовать и мотивировать берет их за основу, либо нет, а не просто отвергнуть.
