Бахтияр, здравствуйте! В постановлении указано на трехлетний срок непрерывной службы. У Вас он есть. Но Вы видимо не брали справку от командира, согласно п.2
2. Документом, подтверждающим право военнослужащего на обучение в образовательных организациях, является справка о праве военнослужащего на обучение, оформленная согласно приложению (далее — справка), выдаваемая командиром воинской части (военным прокурором, руководителем военного следственного органа Следственного комитета Российской Федерации), в которой военнослужащий проходит военную службу.
3. Справка не выдается военнослужащим в период их обучения в образовательных организациях.
Поэтому формально командир в праве не отпускать Вас в оплачиваемый учебный отпуск, так как потом будем ущерб государству. Либо идете в неоплачиваемый, либо берете свой основной, может еще допсутки отдыха накопились.