Вопросы по ПСН - если есть выбор между Москвой и МО

Здравствуйте, Дмитрий!

1. На сайте налоговой коды видов деятельности не совпадают с кодами ОКВЭД. Подходит ли код 625001 к ОКВЭДам 62.02 и 62.01?

Деятельность на патенте и не должна совпадать с ОКВЭД,  он  нужен при других налоговых режимах. 

 Вы же  планируете получить патент по  виду деятельности 625001, которым и должны будете заниматься. 

При этом  Вам никто не запрещает совмещать патент с УСН  и  вести деятельность по  ОКВЭД - 62.02

2. Что прописать в допсоглашениях к действующим договорам (какие ключевые фразы), чтобы показать для налоговой, что работы ведутся в МО и подмосковный патент полностью их покрывает?

В допсоглашениях нужно указать,  место ведение  фактической  деятельности  Московская обл. 

Так из    письма   Министерство финансов Российской Федерации  № 03-11-11/84771 от 28.09.2020 следует, что деятельность должна осуществляться в субъекте федерации, в котором получен патент. 

Если индивидуальным предпринимателем получен патент по виду предпринимательской деятельности, предусмотренному подпунктом 62 пункта 2 статьи 346.43 Кодекса, в субъекте Российской Федерации, на территории которого осуществляется такая деятельность, то налогоплательщик в отношении этой деятельности вправе применять ПСН, в том числе при оказании услуг заказчикам из других субъектов Российской Федерации.

Поскольку  речь идет о месте осуществления деятельности, по моему мнению в Вашей ситуации, лучше  зарегистрироваться   по месту жительства в Московской обл., конечно  при наличии такой возможности. При этом  отпадет необходимость в переделывании,  заключенных договоров.

3. Нужно ли идти ножками в налоговую 5007, чтобы “встать там на учет”, etc. или достаточно просто сформировать в Эльбе заявление на патент?

Заявление на патент  можно сформировать в электронном виде и направить в инспекцию с помощью личного кабинета ИП.

Более подробно по ссылке  https://www.nalog.gov.ru/rn77/...

4. Что “самое страшное может случиться”, если налоговая очнется через 3 года и будет доказывать, что патент был оформлен не там? Есть ли уже какая-то практика по этому поводу?

Если налоговая установит, что  доход  не подлежит налогообложению по ПСН, так как   получен не на территории действия патента, то  потребует уплатить налог с доход в соответствии с общей или упрощенной  системой налогообложения,  пени  по ст.75 НК,    штраф по ст.122 НК.

По ссылке постановление суда, отказавшего в рассмотрении жалобы ИП  о признании недействительным решения  ФНС о привлечении к налоговой  ответственности.

 https://sudact.ru/arbitral/doc...