Здравствуйте, Анна!
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Налогового кодекса доходы от продажи недвижимого имущества, принадлежащего физическому лицу, могут освобождаться от налогообложения по правилам ст. 217.1 НК РФ (при условии выдержки минимального предельного срока владения, который в случае получения объекта по наследству действительно сокращается до 3 лет).
Однако в этом же пункте есть такая оговорка:
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от… продажи имущества (за исключением жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или доли (долей) в них, а также транспортных средств), непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;
То есть, с одной стороны, на имущество, используемое в предпринимательской деятельности, однозначно не освобождается от налогообложения. Но с другой — квартира указана среди исключений, поэтому побороться можно.
Если наследник имеет вид деятельности, связанный со сдачей недвижимости в аренду, и доходы от аренды включал в налогооблагаемую базу по УСН, то доход от продажи квартиры будет считаться реализационным доходом предпринимателя. Тогда ему придется заплатить налог УСН.
Если же у него совершенно иной бизнес, а в идеале — он платил НДФЛ с доходов от аренды, то квартира не будет считаться используемой в предпринимательской деятельности, и освобождение от налогообложения возможно.
Соответственно, разногласия с ФНС возникнуть могут, и разрешаться они будут с большой вероятностью в судебном порядке.
Анна, прошу прощения, отвечала на два похожих вопроса. Если речь идет о коммерческой недвижимости, то оговорку мы трактуем так: имущество однозначно используется в коммерческой деятельности, поэтому пункт 17.1 ст. 217 НК РФ не применяется.
Уплачивать нужно будет УСН.