Подскажите пожалуйста, есть ООО которое продает нежилое помещение физическому лицу (которое является учредителем этого ООО), как правильно оформить в ДКП стоимость этого нежилого помещения?

Татьяна, здравствуйте! 

По нежилым помещениям все просто.

Если нежилое помещение не использовалось предпринимательской деятельностью, при продаже все те же правила, что и по жилым помещениям ( действует льгота по минимальному сроку владения, можно применить вычеты и расходную часть) 

Если нежилое помещение использовалось в предпринимательской деятельности (сдавалось в аренду или в нем велась деятельность самого собственника), то при продаже налог платится по той системе налогообложения, на которой стоит налоговое лицо (индивидуальный предприниматель). Например, ИП на УСН 6% -заплатит 6% со всей цены продажи. ИП доход минус расход-заплатит соответствующий процент с разницы. 

В этом варианте нет привязки к кадастровой стоимости объекта недвижимости.

С уважением, Алсу Нафисовна