Здравствуйте, Виталий! Действительно, в соответствии с п.7 ст.78 Налогового кодекса РФ (далее — НК РФ) заявление в налоговый орган о возврате излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. этот срок установлен именно для подачи заявления в налоговый орган. Поэтому, если три года истекли, налоговый орган вправе Вам отказать в возврате.
Однако закрепление в ст.78 НК РФ трехлетнего срока давности для возврата излишне уплаченного налога не препятствует налогоплательщику в случае пропуска указанного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского судопроизводства, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности — со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права на возврат налога. Указанное утверждение основывается, в частности, на правовой позиции, изложенной в определении Конституционного Суда РФ от 30.06.2020 №1600-О.