Придя в военкомат подписал направление на анализы, могу ли я их не проходить если являюсь студентом и имею отсрочку по учёбе?

Здравствуйте Владимир! в данном случае имеет место быть неправомерность действий военкомата и возможность и у вас есть возможность подачи жалобы на такие действия.
По поводу Ваших дальнейших действий.
Насколько я понимаю, сейчас у Вас повестка о явке на медицинскую либо призывную комиссию, а из поликлиники Вы должны принести анализы, ЭКГ и флюорографию? Вариантов у Вас несколько:
1) Жаловаться в прокуратуру или в городской военкомат, указав в жалобе просьбу о признании выданной повестки незаконной;
2) Ещё раз или два сходить в военкомат (выполнив их незаконные требования) и в конечном итоге услышать очевидное сообщение о наличии у Вас отсрочки;
3) Проигнорировать повестку. Это не повлечёт для Вас никаких последствий кроме возможного (военкоматы не всегда этим занимаются) привлечения к ответственности по ст. 21.15 КоАП РФ (штраф до 500 рублей), так как без жалоб и соответствующего разбирательства фактически данную повестку можно считать законной.