Для начала лучше вывести умершего участника и выплатить долю наследнику?

В вашем случае надо смотреть документы, чтобы ответить на ваши вопросы, поскольку участник может покинуть ООО посредством подачи заявления при условии, что соответствующая возможность закреплена уставом организации.Как только общество получает заявку на выход, оно становится обладателем доли вышедшего. Одновременно у него возникает обязательство по выплате бывшему участнику действительной стоимости доли.  Под действительной стоимости доли понимается та часть чистых активов организации, которая соответствует размеру доли в уставном капитале (которая выражается в виде дроби или процентов).Возможно заменить выплату действительной стоимости дол передачей выбывшему имущества такой же стоимости, что и его доля, при условии его согласия на это.Законный срок для выплаты действительной стоимости доли в случае выхода из общества составляет 3 месяца. Уставом он может быть уменьшен или увеличен, но в любом случае не может составлять больше 1 года с момента выхода. Если доля была оплачена частично, то и выплачивается лишь соответствующая часть действительной стоимости доли. Если доля вообще не оплачена — обязанность по выплате действительной стоимости доли не возникает.Поэтому безосновательно отказать в выплате действительной стоимости доли бывшему участнику нельзя.