Добрый день!
Для какой цели Вам необходимо вычесть пени? Если пени взысканы решением суда, то они также подлежат уплате, как и основной долг.
В решении суда должно быть указано, что является основным долгом, а что — пени и в каком размере. Решение опубликовывается на сайте суда. Если это судебный приказ, то он опубликованию не подлежит, но можно получить его копию в судебном участке, обратившись туда с соответствующим заявлением.
Что касается оплаты долга частями, то Вы вправе обратиться в суд, вынесший решение, с заявлением о предоставлении рассрочки исполнения решения суда в связи с тем, что Ваше материальное положение не позволяет Вам единовременно погасить всю задолженность.
Основание — ст. 203 ГПК РФ:
Суд, рассмотревший дело, по заявлениям лиц, участвующих в деле, судебного пристава-исполнителя исходя из имущественного положения сторон или других обстоятельств вправе отсрочить или рассрочить исполнение решения суда, изменить способ и порядок его исполнения.
Также в рамках исполнительного производства Вы можете заключить мировое соглашение с взыскателем, определив и задолженность в меньшем размере, и рассрочку уплаты этой задолженности.
Мировое соглашение утверждается судом в соответствии со ст. 153.9 ГПК РФ: