Должен ли работодатель доплачивать за учёную степень в описанной ситуации?

Доплата за ученую степень сотрудников, не осуществляющих преподавательскую либо научную деятельность, определяется положением об оплате труда конкретным работодателем. Судя по описанию ситуации, если в положении об оплате труда вашего работодателя это не предусмотрено, он доплачивать за ученую степень не обязан.

Здравствуйте.

Согласно ст. 135 ТК РФ:

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.

Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

Таким образом, смотрите свой трудовой договор, локальный нормативный акт работодателя о системе оплаты труда (это может быть, например, Положение об оплате труда), коллективный договор (при его наличии). Если там указано, что у данного работодателя производится такая выплата 

за учёную степень

сотрудник

то должны платить, если не указана — не должны.