В соответствии с п. 5 ч. 1 ст. 25 Федерального закона «О муниципальной службе в Российской Федерации» в стаж муниципальной службы подлежат включению периоды замещения должностей муниципальной службы; муниципальных должностей; государственных должностей Российской Федерации и государственных должностей субъектов Российской Федерации; должностей государственной гражданской службы, воинских должностей и должностей федеральной государственной службы иных видов; иных должностей в соответствии с федеральными законами.
Таким образом, периоды замещения иных должностей (помимо тех, что прямо перечислены указанными нормами) могут включаться в стаж муниципальной службы только в случаях, установленных федеральными законами.
Федеральный закон, который бы предусматривал возможность включения в стаж муниципальной службы периоды замещения должности директора учреждения (заведующего филиалом), отсутствует Следовательно, в стаж муниципальной службы период работы заведующей филиалом засчитан не будет.