Александр!
Не думаю, что указанные Вам углубления на участке имеют принципиальное значение — так точно никто измерять не будет, на мой взгляд. Что касается понятия недр, которые используются с ограничениями, то в Законе РФ №2395-1 от 21.02.92 «О недрах» есть такие слова:
Недра являются частью земной коры, расположенной ниже почвенного слоя, а при его отсутствии — ниже земной поверхности и дна водоемов и водотоков, простирающейся до глубин, доступных для геологического изучения и освоения.
Так что измерять надо от почвенного слоя (если он есть).
Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.
Всего доброго!