Здравствуйте, Катерина.
Действия Вашего руководства, конечно же незаконны. Вакцинация не является условием для предоставления сотрудникам отпуска. Более того, соблюдение графика отпусков является обязательным, как для работодателя, так и для работника (ст. 123 ТК РФ). Эта норма распространяется и на сотрудников правоохранительных органов. Перенести на другое время отпуск сотруднику можно только с его согласия (ч. 6 ст. 56 ФЗ «О службе в органах внутренних дел»).
Но это все в теории, реалии гораздо прозаичнее…
Отдел делопроизводства имеет полное право не принимать и не регистрировать Ваш рапорт на отпуск, все обращения граждан (за исключением прибывших по почте) должны регистрироваться через дежурную часть (п. 28 приказа МВД № 707-2013). И конечно об этой регистрации сразу же будет доложено генералу. А, я так понимаю, это была именно его команда не отпускать в отпуск без вакцинации. Ну не Ваш же начальник отдела самовольно такие команды отдавать начал. Конечно же, рапорт на отпуск он Вам не подпишет, более того в отношении Вас могут назначить служебную проверку по факту нарушения субординации. А то и просто даст команду, чтобы с Вами «провели работу» и уволили. И это все более чем реально.
Хотя, решать конечно же Вам. Если Вам будет нужна более подробная консультация — пишите.