Имеет ли право Роспотребнадзор считать это нарушением, если СанПин утвержден позже, чем проект на

Добрый вечер. 

Согласно ч. 2 ст. 54 Конституции  РФ 

Никто не может нести ответственность за деяние, которое в момент его совершения не признавалось правонарушением. 

Но я так понимаю, что Вам вменяют не нарушение в период постройки объекта, а нарушение в связи с тем, что после выхода этого Санпина  вы  не организовали Медицинский пункт. 

Да, проектом не был предусмотрен медицинский пункт, но после выхода Санпина вы молги его организовать. 

Можете обжаловать их действия в суд если уже вынесено постановление о привлечении к администраивной отвествености.