Здравствуйте, Алексей!
Насколько понимаю, Вы имеете ввиду, что утерян экземпляр промежуточного акта, подписанного и исполнителем, и заказчиком, который находился у исполнителя. А «закрывающий» акт, подписанный обеими сторонами, имеется.
Если так, то полагаю, что при наличии так называемого закрывающего акта (видимо, имеется ввиду Акт по форме КС-2) есть доказательство того, что работы выполнен и приняты заказчиком. Соответственно, получится это доказать в случае возникновения спора о выполнении работ (ст. 56 Гражданского процессуального кодекса РФ).
Кроме того, надо учитывать также то, что по общему правилу в силу п. 1 ст. 725 Гражданского кодекса РФ срок исковой давности для требований, предъявляемых в связи с ненадлежащим качеством работы, выполненной по договору подряда, составляет один год, а в отношении зданий и сооружений определяется по правилам статьи 196 настоящего Кодекса.
Если в соответствии с договором подряда результат работы принят заказчиком по частям, течение срока исковой давности начинается со дня приемки результата работы в целом.
Если законом, иными правовыми актами или договором подряда установлен гарантийный срок и заявление по поводу недостатков результата работы сделано в пределах гарантийного срока, течение срока исковой давности начинается со дня заявления о недостатках.
У Вас, как я понимаю, прошёл год с момента подписания завергающего акта. Если гарантийный срок не был установлен, то срок давности прошёл. Если же договором установлен гарантийный срок, то в его пределах заказчик ещё может заявлять требования, связанные с ненадлежащим качеством выполненных работ. Однако, повторюсь, при наличии завершающего акта, который подтверждает факт выполнения и приёмки работ в целом, сам факт выполнения работ вряд ли получится оспорить.
Кроме того, если по условиям договора оплата осуществляется заказчиком только после выполнения работ и их приемки, подписания акта выполненных работ, то сам факт проведённой заказчиком оплаты также является обстоятельством, подтверждающим то, что работы выполнены и заказчиком приняты.