Добрый вечер Елена!
Все зависит от того является ли ваш счет на оплату неотъемлемой частью договора (или договором) или нет
1) Если не является и не является счетом-фактурой.
Хранить счета на оплату не обязательно. Счет на оплату— это лишь информация для покупателя о цене товара и реквизитах, по которым можно перечислить деньги. Необходимость выставления и хранения счета на оплату законодательством не установлена. Такие документы (если речь не идет о счете-фактуре, который как раз-таки относится к первичны документом и должен храниться в течение 5 лет (письмо от 19.07.2017 № СД-4-3/14079)) не являются первичными бухгалтерскими и налоговыми документами, а следовательно законодательные требования в части хранения первичных и налоговых документов на счета на оплату не распространяются.
2) Если является неотъемлемой частью договора или сам выступает офертой
В счете вы как выставившая организация лишь предлагаете оплатить товары (работы, услуги) факт поставки (оказания, выполнения) которых, их стоимость, количество (объем) и т.п. уже зафиксированы в договоре и первичных документах (товарной накладной, акте выполненных работ/оказанных услуг, УПД и т.п.). Исполнение данного предложения вашем контрагентом является конклюдентным действием, т.е. представляет акцепт оферты. Поэтому если отсутствует договор, и покупатель счет акцептовал и заплатил по нему, тогда счет заменяет договор и его нужно хранить по сроку, который установлен для договоров (в соответствии с п. 2 ст. 432, п. 3 ст. 434, п. 3 ст. 438 Гражданского кодекса Российской Федерации).
Кроме того, существуют договора, где цена определяется на основании прайса и фиксируется в счете и акте выполненных работ или товарной накладной, а иногда в связи с не совсем корректным составлением договора — только в счете (например, когда по условиям договора предусмотрена поставка товара в период с 01.01.2021 по 31.12.2021 партиями, и указано что цена за единицу определяется на основании утвержденного Поставщиком прайса фиксируется в счете на оплату и товарной накладной которые являются неотъемлемой частью настоящего договора). Если ваш договор составлен подобным образом или если просто присутствует формулировка что счёт является неотъемлемой частью договора, то такие счета являются частями договора и хранить их целесообразно вместе с договором (это будет важно в случае рассмотрения спора о задолженности Арбитражным судом).