Подскажите его могут посадить и возможно ли такое что врачи обратится в полицию

На основании ст.20 Уголовно-процессуального кодекса РФ часть первая ст.131 Уголовного кодекса РФ является статьей частно-публичного обвинения. Это значит, что уголовное дело по ней могут возбудить только по заявлению потерпевшего или его законного представителя. Однако, если оно будет возбуждено, то прекратить его за примирением сторон не возможно. 

Следовательно в случае, если родители (законные представители) девочки или она сама  не напишут заявление в полицию об изнасиловании, то Вашего сына не могут привлечь к уголовной ответственности по ст.131 УК РФ (изнасилование). 

Кроме того, необходимо  учитывать, что для привлечения к уголовной ответственности за изнасилование недостаточно одного заявления, должен быть доказан сам факт насилия (свидетели, и т.п.)

В соответствии с п. 49 Инструкции по организации деятельности подразделений по делам несовершеннолетних органов внутренних дел Российской Федерации на профилактический учет ставятся несовершеннолетние:

1) Употребляющие наркотические средства или психотропные вещества без назначения врача либо одурманивающие вещества;

2) Употребляющие алкогольную и (или) спиртосодержащую продукцию;

3) Совершившие правонарушение, в том числе до достижения возраста, с которого наступает административная ответственность;

4) Совершившие антиобщественное действие; 

5) Освобожденные от уголовной ответственности вследствие акта об амнистии, или в связи с изменением обстановки, или в связи с примирением с потерпевшим, деятельным раскаянием, а также в случаях, когда признано, что исправление несовершеннолетнего может быть достигнуто путем применения принудительных мер воспитательного воздействия.

6) Совершившие общественно опасное деяние и не подлежащие уголовной ответственности в связи с недостижением возраста, с которого наступает уголовная ответственность.

7) Совершившие общественно опасное деяние и не подлежащие уголовной ответственности вследствие отставания в психическом развитии, не связанного с психическим расстройством.

8) Обвиняемые и подозреваемые в совершении преступлений, в отношении которых избраны меры пресечения, не связанные с заключением под стражу.

9) Родители или иные законные представители, не исполняющие своих обязанностей по воспитанию, обучению и (или) содержанию несовершеннолетних и (или) отрицательно влияющие на их поведение либо жестоко обращающиеся с ними.

Так как все было по взаимному согласию, то Вашего сына не могут привлечь к уголовной ответственности и проблем при поступлении в колледж никаких не должно возникнуть.