Взимание НДФЛ 13 процентов незаконно, поскольку налогооблагаемого дохода при возврате денежных средств не образуется.
Возмещение потребителю стоимости возвращенного им товара ненадлежащего качества, по которой товар был приобретен, не приводит к возникновению такого лица дохода (экономической выгоды), поскольку физическому лицу возвращаются его собственные денежные средства, израсходованные на приобретение товара (см. письмо Минфин №03-04-05/33773 от 8 мая 2019 года).
Что касается комиссии, то если её взимает Ваш банк, то это законно, если продавец ПО, то это законно если в договоре с продавцом ПО это предусмотрено.