Если налоговая сделала вывод о том, что цена продаваемых юр лицом квартир занижена в несколько раз, может ли налоговая подать в суд на организацию за взысканием недоимки?

Налоговый орган может это установить при проведении мероприятий налогового контроля (выездные и камеральные проверки). Если это установлено по результатам выездной проверки, то в НК РФ существует порядок:

Составляется Акт с доначислениями.

Вручение Акта налогоплательщику.

Подача налогоплательщиком возражений.

Вынесение инспекцией Решения по акту и доначисление налогов, в случае отклонения возражений. Решение можно оспорить сначала в апелляционном порядке потом в суде.

Если Решение не оспорено, то на сумму недоимки будет выставлено требование. При его неисполнении на счета направляется инкассо (решение о взыскании за счет денежных средств) о списании денег и принимается решение о взыскании за счет имущества организации при отсутствии денег на счетах.

Ответ: Инспекции при наличии Решения нет необходимости подавать в суд. А вот Вам оспаривать Решение придется. Впрочем, это уже Ваше право.

Примечание: Я указал только основные моменты. А нюансов довольно много. Как и вопрос о праве инспекции определять рыночную стоимость квартир в рамках проверки.