Сергей, согласно положениям ст. 23 Гражданского кодекса РФ
Гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя.
Поэтому именно перейти с ИП на ООО не получиться, однако Вы имеете право организовать в общем порядке ООО и в качестве взноса в уставный капитал внести свои права собственности на помещения магазина и товар. относительно налогов следует сказать, что в силу п.2.2 ст.346.22 Налогового кодекса
на уплату ЕНВД не переводятся организации и индивидуальные предприниматели, средняя численность работников которых за предшествующий календарный год, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек.
Таким образом если у вас соблюдаются условия, то Вы имеете право использовать ЕНВД
и в качестве взноса в уставный капитал внести свои права собственности на помещения магазина и товар
Вот этого делать не нужно. Тогда гражданин, имеющий права собственности на имущество, внося его в УК, это право утратит. Проще сдать помещения в аренду юрлицу, а если они не в собственности — в субаренду (с согласия арендодателя) и получать с этого наличные деньги в качестве арендной платы. Товар продать этому ООО, предварительно заняв ему денежные средства как учредитель и, опять же, позже получить наличные в качестве исполнения по договору займа, работников перевести на новое место работы в соответствии с ТК РФ.