Здравствуйте. Здесь либо ст. 160 УК РФ Присвоение и растрата, либо экономической направленности преступление.
первоначальные следственные действия: возбудение уголовного дела, признание потерпевшим (так как потерпевшей стороной является юридическое лицо, как я понял, то признание представителя потерпевшим), допрос представителя потерпевшего (будет на основании доверенности от организации участвовать в следственных действиях), протокол права разъяснения на предъявление гражданского иска (где Вы укажите что хотите заявить иск в суде, так как на стадии следствия нет смысла его заявлять, будете все-равно ждать суда), ОПР будет запрошены все документы от Вас подтверждающие Ваши слова о недостаче и документы подтверждающие суммы, которые пропали, поэтому их Вам необходимо сохранить и подготовить ксерокопии, допрос в качестве свидетеля бывшей жены глав. буха, проведение очной ставки между бывшей женой и глав. бухом, допрос в качестве свидетеля глав. буха, после этого если удет хватать оснований (если он признается например), то в дальнейшем допрос его в качестве подозреваемого, избрание меры пресечения, предъявление обвинения глав. буху, допрос в качестве обвиняемого. Если он не признается, и оснований для признания глав. буха подозреваемым не будет хватать, то будут следственные действия, такие как: очная ставка с другими бухгалтерами, начальством и возможными свидетелями совершенного преступления.
Из экспертиз могу предположить, что могут провести компьютерно-техническую экспертизу компьютера, на котором работать глав. бух.
Также могут сделать детализацию телефонных звонков глав. буха и бывшей жены. Также можно истребовать банковские выписки (производится на основании судебного решения на основании поступившего ходатайства следователя) о движении денежных средств по счету (сделать как по глав. буху, так и по бывшей жене).
Дальше уже по ситуации смотреть, но первоначальные следственные действия будут такие.
Если нужна будет помощь, обращайтесь, помогу.