К примеру на человека было заведено уголовное дело, у него брали отпечатки пальцев и фоткали его, но дело

Согласно статьи 49 Конституции РФ  обвиняемый в совершении преступления считается не виновным, пока его виновности не будет доказана в предусмотренном законом порядке и вступившим в законную силу приговором суда. 

Обстоятельства привлечения Вас к уголовной ответственности в указанном случае отрицательных последствий иметь не будет

Ответ на Ваш вопрос зависит от  оснований  прекращения уголовного дела: еснования реабилитирующие — то есть когда Ваша вина в совершении престулпения не доказана (ст.24 ч.1 п.1, ст. 24 ч.1 п.2 УПК РФ, ст. 27 ч.1 п.1 УПК РФ) то ничего не где не должно отражаться. А если и где-то отразится, то к Вам вопросов по поводу данной записи не будет. 

Другое дело когда уголовное дело прекращено по не реабилитирующим основаниям: примерение сторон, деятельное расскаяние, в связи с судебным штрафом, истечением сроков давности. То есть когда Вашу вину в совершении преступлении установили, но в силу закона к уголовной ответсвенности не привлекли.  Тогда сведения будут в базах данных, но для Вас принципиального значения иметь это не будет поскольку в Российской Федерации граждане не имеют права получить загранпаспорт, имея  условную судимость, при неполном отбывании наказания, то есть при таком условии покидать пределы страны строго запрещено.