Здравствуйте, уважаемый Денис!
Статья 325 ТК РФ не устанавливает определённого срока предоставления работодателю документов для окончательного расчёта. Применительно к федеральным "бюджетникам" более детально условия регулируются Постановлением правительства РФ от 12.06.2008.
Согласно части восьмой статьи 325, "Размер, условия и порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в организациях, финансируемых из бюджетов субъектов Российской Федерации, устанавливаются органами государственной власти субъектов Российской Федерации, в организациях, финансируемых из местных бюджетов, - органами местного самоуправления, у работодателей, не относящихся к бюджетной сфере, - коллективными договорами, локальными нормативными актами, принимаемыми с учетом мнения выборных органов первичных профсоюзных организаций, трудовыми договорами".
Конституционный суд РФ постановил, что вышеизложенная норма обязывает не бюджетные организации предусмотреть подобный порядок и не противоречит конституции.