Здравствуйте!
Вопрос тут не о ликвидации, а об отмене государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя. Сделать это возможно и при наличии долгов. Нужно заплатить государственную пошлину в размере 160 рублей и подать в ИФНС (инспекцию) заявление об отмене госрегистрации.
К сожалению, за периоды, пребывания под домашним арестом или отбывания наказания в местах лишения свободы, ИП не освобождаются от обязанности уплачивать страховые взносы. Наверное, речь в вопросе идет именно об уплате страховых взносов.
В суде можно попробовать получить рассрочку исполнения. Для этого установлен простой заявительный порядок, оплачивать госпошлину — не нужно (ст. 203 ГПК РФ).