После исполнения государственного контракта появились претензии со стороны правоохранительных органов

Вы прежде чем оценку давать — для начала могли бы и уточнить заданные вопросы, поскольку от ответа на них зависит квалификация Ваших действий.

В Вашем случае Вам грозит уголовная ответственность, по ч. 2 ст. 171 УК РФ

Осуществление предпринимательской деятельности без регистрации или без лицензии либо без аккредитации в национальной системе аккредитации или аккредитации в сфере технического осмотра транспортных средств в случаях, когда такие лицензия, аккредитация в национальной системе аккредитации или аккредитация в сфере технического осмотра транспортных средств обязательны, если это деяние причинило крупный ущерб гражданам, организациям или государству либо сопряжено с извлечением дохода
 в особо крупном размере, -
наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет, либо лишением свободы на срок до пяти лет со штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев либо без такового.

Дело в том, что заказчик при размещении заявки мог не указывать на то, что на отдельные виды работ требуется наличие лицензии.

Как было отмечено в Обзоре судебной практики по вопросам, связанным с применением Федерального закона от 18 июля 2011 г. № 223-ФЗ «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 16 мая 2018 г.) для целей информационного обеспечения закупки в документации о закупке должны содержаться достаточные сведения, в том числе об объекте закупки, позволяющие потенциальному участнику сформировать свое предложение. Соответственно, информация о наличии у исполнителя конкретных лицензий или разрешений подлежит обязательному включению в состав заявки на участие в закупке только в том случае, если вывод о перечне разрешительных документов не мог быть сделан самостоятельно разумным участником закупки, обладающим необходимым уровнем профессионализма и опыта.

При этом отсутствие подобного рода оговорки, как отмечено, например, в Письме Минфина России от 21.02.2018 № 24-02-03/11100 

в случае если в один объект закупки включены работы (услуги), для выполнения которых требуется наличие соответствующей лицензии, а также работы (услуги), для выполнения которых такая лицензия не требуется, то установление заказчиком требования к участникам закупки о наличии соответствующей лицензии может ограничивать количество участников закупки и не соответствовать части 6 статьи 31 Закона о контрактной системе.

Если предметом контракта предусматривается выполнение комплекса технологически и функционально связанных между собой работ, или услуг как требующих, так и не требующих специального разрешения (лицензии), и сам контракт не устанавливает прямого запрета на привлечение субподрядчиков, то действующее законодательство о контрактной системе не запрещает исполнителю контракта привлечь для выполнения лицензируемых работ иных лиц (субподрядчиков), обладающих соответствующей лицензией 

В таком случае, вероятен риск возбуждения уголовного дела.