Если да, то каким образом он может защитить свои права?

Здравствуйте, Александр!

что участок ежегодно подвергается затоплению,

Александр

Зоны затопления и подтопления относятся к зонам с особыми условиями использования территорий и считаются установленными со дня внесения сведений о них в ЕГРН.

Согласно ст.451 ГК РФ:

1. Существенное изменение обстоятельств, из которых стороны исходили при заключении договора, является основанием для его изменения или расторжения, если иное не предусмотрено договором или не вытекает из его существа.
Изменение обстоятельств признается существенным, когда они изменились настолько, что, если бы стороны могли это разумно предвидеть, договор вообще не был бы ими заключен или был бы заключен на значительно отличающихся условиях.

Ст. 37 ЗК

3. Покупатель в случае предоставления ему продавцом заведомо ложной информации об обременениях земельного участка и ограничениях его использования в соответствии с разрешенным использованием; о разрешении на застройку данного земельного участка; об использовании соседних земельных участков, оказывающем существенное воздействие на использование и стоимость продаваемого земельного участка; о качественных свойствах земли, которые могут повлиять на планируемое покупателем использование и стоимость продаваемого земельного участка; иной информации, которая может оказать влияние на решение покупателя о покупке данного земельного участка и требования о предоставлении которой установлены федеральными законами, вправе требовать уменьшения покупной цены или расторжения договора купли-продажи земельного участка и возмещения причиненных ему убытков.

Если у Вас ЗУ в зоне затопления, установленной актом органа власти и об этом вам не сообщили у вас есть право расторгнуть договор.

Если иначе, только по основаниям указанным в приведенных выше нормах, а если и продавец не знал и вы, сложно, но можно расторгнуть.